c盘D盘装一样的软件会覆盖吗？

不会覆盖。
你说的那种情况，是因为有些东西装时在C盘里面建了一些必不可少的东西，你把C盘的卸载了，就把一些东西给一起删了，很明显，一现在的QQ版本就是这种情况，还有注册表，也会更前删掉，但有些不是这种情况，例如暴风影音。

C盘的可能是绿色版的，只能用手动删除，直接找到文件夹，删除整个文件夹就好了。
删了再重新装

既然卸载了，表示注册表信息基本清除，可以找个超级兔子 清理一下，或者直接把QQ 什么 这些文件夹全部删除了。如果绝得不干净，你可以把QQ重新装载C盘 覆盖原来的 ，然后在卸载，重新安装到别的盘

控制面板的添加删除里查找，全部都删除了然后再安装一个新的。