请问台风会对海上舰队造成损失吗?

当然有影响！给你举个例子：
1935年9月26日小日本海军临时编成的第四舰队在松山元中将指挥下参加演习，但在驶往演习海域途中，在岩手县附近海域遭遇每秒35米，浪高15米的台风，造成包括夕雾号多艘驱逐舰舰艏断裂，以及包括航母凤翔号，龙骧号在内17艘船只受损，56名水兵丧生。事故后，日本海军在横须贺马门山和吴港海军基地内树立纪念碑悼念死难者。史称“第四舰队事件”。

一般来说在海上航行的海军舰队会使用气象雷达，除非是战斗，否则都会选择避开或者打擦边球。一般不会直接有影响。除非舰队行驶的海域一次挂起七八个台风，那肯定完蛋。

有影响

多多少少会有影响的！