我已经学完了50音图，但是有很多地方还是不懂，望各位指点一下

你问的很乱，我尽量按顺序写。
拨音就是在读音后加一个鼻音，用个不太恰当的例子，比如な近似读成汉语中的“那”，加上拨音后，就读成“难”。同时发声的时间从1拍延长至2拍。
长音是把假名后面的元音再延长一拍。其实就是拉长了读音而已。
括号里那几个读音和不加括号的是完全一样的。
外来语的表示也是用50音图来完成的，所以我们经常能听到日本人那令人发指的英语-_-!!!
が、ざ、だ、ば、ぱ行没有只用在中间的限定。不过读音的话が行有2种读音，一种类似拼音的ga gi gu ge go，第二种带有鼻音，这个不好解释，建议你去找音频听。本行假名在词头的用第一种读音，而在词中的，可以用第一种也可以用第二种。不过用第二种也就是鼻音的人比较多。
你说的kya叫做拗音，这个类似英语中的连读，但是不同的是这种发音不能拆开。比如ちや（这里や是小写的）就直接读做“掐”这个音，而不能分开读成“七压”。
日语学完50音图之后确实能够读出来了，但是会读和读的熟练是有很大区别的。比如一个外国人刚刚学会汉语的拼音，给他一篇完全用拼音写的文章，恐怕他读出来没有中国人能听懂。日语也是这个道理。多读多练习，这个是唯一的途径。熟能生巧

完全一个门外汉，建议自己潜心钻研。哥哥当年也是这么过来的

不用看那么多那些解析什么的，先跟着录音带（也可以网上找听力资源）把50音清音浊音等全学会了，再跟着磁带学单词就可以了，读多了就知道是怎么回事了