their methods do not attempt to estimate the actual biomass,but rather changes in that biomass

这里的but rather 应该和前面的 not 连用，意思是“不是.....相反....”的意思。

这里but rather应该是“而是”的意思，和not连用，不是……而是。
翻译：
他们的方法并不是为了估计真正的生物量，而是为了估计生物量的变化量。

与其说...不如说是...（含有转折意思）

相反，而是。