请问这样做违规吗？

如果你不说，税务不知道你违规，但是在检查滞留票的时候可能会查到第一次开具的那份发票，因为B企业没有使用，在不检查的情况下，A企业重复开了两次发票，相当于多交了一次税，如果做退票处理，税务局也会要求你提供第一次开出的那份发票的所有联次，这种情况可以去问问税管员，看需要写个什么证明之类的，没遇见过

A企业又重新开具了增值税专用发票，并不违规。
可以把原来开的那份做退票处理就可以了，增值税的销项税额转入成本中。
重新开具了增值税专用发票，只是多计算了一次增值税的销项税额。

A企业是销售方还是购入方啊？销售方怎么会用抵扣联认证？应该是B方认证才对啊。

A企业违规了，虚开增值税发票。如果发票抵扣联丢失，A企业应该去国税局开已抄税证明单，然后将记账联复印并加盖公章交给B方，就可以认证了。