货代行业的营业税在网上怎么申报

根据《财政部国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》(财税<2003>16号文件规定：
二、从事货代业务取得的收入按“代理业”征税，允许扣除与代理业务有关的支付给其他单位的运费、检验检疫费、装卸费、报关报验费、港杂费、仓储费。货代企业将货代业务(或其中部分业务)再委托给其他货代企业代理的，其计税营业额为扣除支付给该受托单位的费用后的余额。
因此，贵公司在网上申报营业税时，计税金额（计税依据）填报：收入减除此文件规定的费用后的余额申报缴纳营业税，税目：代理业，适用税率5%。