进项发票认证是90天之内有效，是否含第90天？比如09年6月3日的可否09年9月1日认证呢？

已经过期了，因为6月3日收到也算一天，而7月全月31日，也8月全月31日，而9月1日已经是第91天了，所以不能认证了．．．．

应该是不可以了。

算头不算尾，最好提前认证

按算是可以的，你最好是8月31日去认证更保险一点。

不含。

这90天是从发票开具的那天算起，即当天算一天，当天开具的你可以当天去认证。一般都会提早去认证，因为认证并不一定一次就能成功。