我还是不能理解这句话

这就是为什吗一些国家同时消失了！加强‘为什吗’。 why is it ? that------disappeared = it

两句话一样意思。
不过你的那句话该改为： what is the reason of some nations have disappeared altogether?
那个is it可以省略的，所以就变为 why some nations have disappeared altogether? 记住这个省略法， 主语和be动词省略掉。我说不清是什么情况下了，因为现在已经忘了很多语法了，语言嘛，交流的工具，别人理解就行了。

上面的回答都有问题。楼主忘记了一个非常特殊但是又特别常见的强调句型 It is……that……. is和that中间夹的就是被强调的部分（一般是主语、宾语和状语）。这个句型最大的特点是可以去掉且去掉后不影响句子的语法结构和表意功能；反过来说，加上它也不会影响原句的结构和表意——说的更具体点，它就是一个符号，加上它之后原句不做任何变化，人称、数、时态仍然保持不变。如：It is I who/that am going to attend the meeting.(仍然用am） It is Tom that does morning exercises every morning.(does 不变) It was in this village that I was born.(原句为I was born in this village.时态人称和数都原封不动，但是千万不要把that换成where) It was Jimmy that they disliked.

what is the reason (that)why (some nations have disappeared altogether)?
大概就是这样的结构吧，后面的是个从句。

这句话 WHY 和 that 的用法应该一样 可以替换
是定语从句

其实差不多的，问题是你可能英语还不是太好，你说的明显