同样转速为7200转的硬盘在缓存不同的情况下速度相差能有多大？

不会减慢。使用过程中两个硬盘都会用各自最快的速度运行，只有在两个硬盘互相复制的时候快的硬盘才会被慢的硬盘拖累，但是在平常使用过程中两个硬盘工作是独立的，不会互相影响。建议你把系统装在比较快的那个硬盘上，系统会运行比装在慢的硬盘上快一些。