法官对诉请的理解和原告有别，是程序问题吗？怎么办

首先我认为这个不属于程序问题，因为诉讼请求属于该案件争议的标的，属于法律关系的范畴，这个应是法律争议的实体问题而不是程序。
如果法院已经接受立案并且判决驳回诉讼请求就说明这是解决的实体问题了。
至于法官和原告理解的不同这是个很难说清楚的问题，因为你说的不是很清楚，也许本案涉及法官的自由裁量权的问题，那么也许只是原告一厢情愿的认为不一样，作为至少是有专业知识的法官来说，应该是理解的比较深刻的。

可以要求上诉