新撰组是跟随天皇？还是将军？

亲幕派 跟随将军 打压倒幕派的 冲田总司不是和剑心打过么？

跟随将军

当然是跟着将军的。
新选组（又名“新撰组”，日语“选”与“撰”同音）是日本幕末时期一个亲幕府的武士组织，也是幕府末期浪士的武装团体。主要在京都活动，负责维持当地治安，对付反幕府人士。他们在戊辰战争中协助幕府一方作战，1869年战败投降后解散。
新选组在成立初期得到当时担任京都守护职的会津藩主松平容保支持，并纳入会津藩编制。新选组在1864年的池田屋事件中，重创了京都内提倡尊王攘夷的激进派。