经过两次补充侦查证据不足检察院是可以不起诉还是应当不起诉?

明确地说，不是应当不起诉。你所说的应当不起诉，就是说按照法律规定不能起诉，检察院没得自主权。在法律中这叫法定不起诉。证据不足是不包括在法定不起诉的范围内的。
两次补侦证据仍旧不足，一般的处理方法是，退回侦查机关建议做撤案处理，一般是不做不起诉处理的。做不起诉处理客观上挺麻烦的，一般的检察院公诉部门是没这个权力的，一般要通过检委会。但是正常的撤案，在公诉部门内部就可以决定。~~~~~~一家之言

不起诉