协议抵债的车辆被另一债权人通过法院查封怎么办？

个人观点：
最好是向执行法院提出执行异议，以在先的债权对抗在后的债权。
按你的说法，男方和女方间的属于“以物抵债”，个人认为实质上属于流质条款，在法律上来说，男女双方的协议是无效的。
在本案中两个债权均未登记或公证的情况下，如果有充分证据证明男方与女方的债权在先，那么还是可以提出执行异议的，但如果男方与第三人（即申请法院执行的申请人）的债权是有担保的，且以该车担保，那么第三人优先受偿。
这个详细的情况要找个律师详谈，几句话说不清楚的，但可以肯定的是前面的“以物抵债”是无法对抗后面的第三人申请执行的。

车没有过户，所有权仍属对方，法院查封，只能协助。债务纠纷另案诉讼。

没法办。法院的效力最高了，协议不能与它相抵触。

要看是否过户，先过户的优先受偿。