公司设下属部门，需要独立核算

既然对外统一报税，估计你公司的下属单位进行核算只是基于内部业务考核的需要，账务处理不受影响，只需要在对下属部门按管理要求增设一些内部核算的管理办法和程序即可，对外账务处理仍由公司统一处理即可。

帐务都是一样处理，包括交税之类的都一样的，只是公司内部有个内部核算的程序而已。