西南大学微生物学，

北京大学（微生物理论研究比较强） 复旦大学（微生物技术比较好） 南京大学（理论研究） 山东大学（有国家重点实验室实力很强）武汉大学（病毒研究比较好） 云南大学（放线菌研究还有国家放线菌实验室） 农业类：中国农大（根瘤菌研究国内权威）
华中农大（固氮研究）南京农大（环境微生物研究与产业联系很好）
广西大学，在植物病菌上的研究很深入

上面的大学都是在国内生物方面算有影响的大学，西南大学的生物技术学院的微生物要更好一点。