我司开具增值税普通发票，对方未收到，现超过90天，我司已入账，对方未入账，这样在税务上有什么影响吗？

对方凭增值税普通发票记账联复印件及销货方税务局证明入账。

问题补充：你方入账就可以了，增值税（普通发票）对方是否入账问题不大。如果是增值税（专用）发票会引起滞留票，有点麻烦。你放心，增值税（普通发票）对方是否入账问题不大。

登报作遗失声明/打份丢失说明书。
然后带遗失声明，到税局申请开红字发票。
具体在什么报社刊登，就要咨询当地税务局要求了。

最简单最少钱的办法是凭税务机关出具的证明单和记帐联复印件加盖发票章后做帐。

对方有要求增值税普通发票的情况下,到税务局税政科出具的证明单和增值税普通发票记帐联加盖发票章的复印件给对方就行;
若税务局税政科出具的红字证明单,也可以开具红字发票后再重开增值税普通发票给对方.
不论那一种方法,都要去税务局税政科去办理.