发电机退出后系统保护是否应该改变。

如果确如你所说的：主变只从电网受电，发电机发电只供内部使用不向电网送电。则不需要调整保护。
一般情况下，与发电机和变压器关联的保护是“发变组差动保护”，如果发电机退出运行，则仅需要调整发变组差动保护，而不改变其它保护，而你所说的系统不存在这一问题。
由于平常发电机与变压器分开运行，保护的整定值肯定是按分开运行计算，因此保护定值也不需要改变。