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甲型H1N1流感的潜伏期一般1至7天左右，普遍易感，以青壮年为主。
早期症状与普通流感相似，包括发热、咳嗽、喉痛、身体疼痛、头痛、发冷和疲劳等，有些还会出现腹泻或呕吐、肌肉痛或疲倦、眼睛发红等。
部分患者病情可迅速进展，来势凶猛、突然高热、体温超过39℃，甚至继发严重肺炎、急性呼吸窘迫综合征、肺出血、胸腔积液、全血细胞减少、肾功能衰竭、败血症、休克及Reye综合征、呼吸衰竭及多器官损伤，导致死亡。
人感染猪流感的预后与感染的病毒亚型有关，大多预后良好；而感染H1N1者预后较差，病死率约为6%。