增值税认证系统中,能够同时包含手工输入和扫描输入吗

可以的 最好用扫描 不行再用手工 这样省事

扫描不清应当切换到手工输入。
根据国税发（2006）156号文件规定，如果存在“无法认证”、“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”如遇上述情形之一的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关退还原件，购买方可要求销售方重新开具专用发票。