几本手册进口料件和出口成品都一样，但是每本的单耗不一样，海关问为什么不一样？怎么回答呢

可以给海关这样解释：
1：因为合同备案时是根据客户的订单来签订的
2：而客户在下订单时的成品的码数是经常改变的（因为码数的不同与多少会导致合同备案时的单耗有所不同）
反正就要咬定是没错的，呵呵

不知道单耗不一样的背景和原因是什么，理论上海关不允许这样操作的，我的建议是你修改手册的单耗，保持一致。

那没办法，解释基本上行不通。你不可能说是，一本手册只做一个码号的衣服，肯定有不同码号在里面。所以你怎么能说，另外基本手册的在同样情况一下，生产时的单耗不一样呢。
因此，只能做详细的情况说明，尽量修改手册单耗。