我公司是仓储业，现收到承租方交来的租金100万元。

1、如果是满期租金需开具租赁发票，确认收入，依法纳税。如果租金中含有预付款部分，可将预付部分暂不开票，只将应收部分确认收入。
2、营业税是按收入缴纳税费，只有调节收入，其他没有别的办法。 实际上你公司的所得税才是应该正确考虑的问题。

1、如果承租方认可，可以将应确认收入的部分开具发票，其余部分开具往来收据作为预收账款入账。确认收入的金额应根据租赁合同确定，也就是说这100万元的租金属于哪个期间，在该期间可分期确认收入。
2、只要你开具发票就必须做收入处理。
3、只要在依法纳税的框架下，你缴纳的税金总额是不会变的，改变的只是发生纳税义务的时间。