南京理工大学与北京工业大学哪个自动化专业比较好

当然是南京理工大学的自动化好了。
南京理工大学具有【控制科学与工程】（即自动化的一级学科）的博士点，包含【模式识别与智能系统】二级学科国家重点学科。
而北京工业大学只有【检测技术与自动化装置】【模式识别与智能系统】两个二级学科的博士点。
所以，南理工远远强于北京工业大学。

所谓一级学科就是包括好几个二级学科的学科类，不知道你明白不。

显然是南理工好