在日本能在异地申请手机吗

没问题的，因为日本根本不存在所谓的户籍制度，全国都是一样的。只要你拿着有效证件就可以了。外国人登录证明书，国民健康保険证，运転免许，SB的还要クレジットカード。只要证件齐全，在哪都可以办。

我原来混名古屋的，去京都玩儿的时候办的WIN的机器

有点困难，不过有相关证明：身份证或者暂住证明等证件的话就另当别论。
去当地大使馆要你的相关证明也可以的。