如果折射天文望远镜观测时有只苍蝇飞到镜片上,会怎么样,为什么?

完全看不见它。因为我们调焦的时候对象是无限远的星体，只有无限远的物体才能被我们清晰看见，

而对于物镜上的物体，由于距离太近，我们就无法从目镜中看见它。

如果口径小,可能会觉得视场有略微变暗(折反也一样)

完全不可见，除非你把焦距对在镜片上。就像反射镜的副镜不会在视野里成象。
只是会减少有效口径，因为被苍蝇遮挡住的光是无法汇入目镜的。