美国除了FBI，CIA之外还有什么组织吗？

你指的应该是情报机构吧。
除你提到的外，还有：

国家安全局（NSA）
美国国家安全局（亦可译为国家安全总署）负责监听的包括电台广播、通讯、互联网，尤其是军事和外交的秘密通讯，掌握有比美国中央情报局还要多的经费，是世界上单独雇佣最多数学博士和电脑专家的单位，但效益却很低，甚至不为美国政府的其他部门所了解，所以它的缩写NSA经常被戏称为“No Such Agency”（无此单位）。
国家侦察局（NRO）
国家侦察局（NRO）成立于1960年8月25日，直属中央情报主任主持的两个国家执行委员会之一的国家侦察执行委员会管理。 总部设在五角大楼4C—956，为整个美国情报界安排卫星侦察计划。包括通过卫星进行图像和信号情报的搜集。国家侦察局还负责卫星的日常工作，包括进行启动和关闭，以及迫使卫星进行面向或背离太阳等技术操作。由负责太空系统的空军副部长领导。太空系统办公室主任和空军副部长都是国家侦察局的高级领导官员。
国防情报局（DIA）
美国国防情报局是根据1961年8月1日的国防部命令成立。目前国防情报局负责的工作主要有六项：包括对情报资源进行组织、指导、管理和控制，对国防情报进行检查和协调，对情报任务的行动步骤进行监督，对国防部情报资源保持最经济、最有效的分配和管理，做出紧急反应以及满足国防部主要部门的情报要求。
国家地理空间情报局（NGA）
美国国家地理空间情报局本来是一家负责为军事决策者和行动部门提供战略、战术图像情报支援的情报机构。但自从2001年“9·11”事件之后，这家神秘机构开始频繁地参与美国国内和国际社会的救灾工作。“国家地理空间情报局” 它是与联邦调查局、中央情报局和国家安全局等三个机构平起平坐的高级情报机构。该局的主要任务是研究美国通过间谍卫星或其他途径得到的航空照片及各种图像，绘制出相应的影像图。
国土安全部（DHS）情报与分析办公室
“美国国土安全部”（DHS），是美国的一个警察部门，职能包括：加强空中和陆路交通的安全，防止恐怖分子进入美国境内；提高美国应对和处理紧急情况的能力；预防美国遭受生化和核恐怖袭击；保卫美国关键的基础设施，汇总和分析来自联邦调查局、中央情报局等部门的情报（和我国的公安边防部队有那么一点相似）。