为什么阅兵总指挥都是北京军区司令员呢

因为参加阅兵的主要部队都是北京的，其他军区只派少量的象征性的去。这样安排是为了指挥方便。总不至于让总部首长指挥吧，不恰当。

历史惯例。
北京军区司令员就是这地块老大，上边视察他陪同。比如国家领导人到你们这里视察省里或县里总要派人陪的吧

阅兵首长通常为武装力量最高统帅（国家元首或政府首脑）或者军事机构主要负责人（国防部长或总参谋长），

而阅兵总指挥通常为首都所在最高级军区／战区或卫戍区的主要负责人（通常为军区或卫戍区司令）。

所以北京军区司令员相对比较适合。

就进原则吧，其他地方的司令员也不好随便离开吧，阅兵前后的很长时间总指挥都是要和基层沟通合作才能做好这个工作啊。
北京军区司令应该是最熟悉中央的司令了。

惯例老毛时候传下来的。

因为北京军区参加受阅官兵最多，且北京军区负责着首都的安全，本来就高于其他，这种情况理所当然！