私募基金在交易所有自己的席位么？还是通过某一营业部来操作？

交易所一般是会员制的。国内交易所会员只有证券公司，所以只有证券公司才可以拥有席位。不要说私募基金了，就是银行、信托、公募基金公司、保险等这些金融机构也没有自己的席位，都要通过会员席位来下单到交易所。
当然，资金量够大，可以找一家会员（券商）协商，让他们提供一个专用席位。但是，中登公司结算时是按照席位和公司进行的，这里唯一例外的是公募基金，中登对公募基金提供登记了的租用席位清算，同时将结果送公募基金和基金公司。其他机构使用的席位清算结果都只提供给券商，所以即使有专用席位也还是要通过券商来进行清算，保证金还是要券商审查管理。

补充回答：跟证券营业部比起来，他们的资金量还是小的，

一般都是通过证券营业部来操作的。