如果我用中国护照又大陆入澳门.之后出澳门港澳码头.坐船去香港.再用通行证入香港,之后用通行证出香港

有你通行证为什么要用护照呢，有通行证根本就不需要护照可直接进澳门的啊 你这样是费力不讨好啊

你有问题吗？少了章就不能让你出入境的。假如你在大陆拿的是护照出境，入境的时候就要拿护照入境，明白不？

那你唯一的解决办法就是出港的时候用通行证出港，然后在深圳用护照入境。

问题会出在你由香港入大陆的时候。
因为你的通行证上并没有大陆的出境章，所以在入境大陆时会有一些问题，但你可以用护照入境大陆。
呵呵，你的问题我曾经遇到过类似的。我用通行证从珠海出境，到达澳门，然后在澳门又用护照飞去日本，回来时用护照到澳门，但是澳门给我盖了个逗留7天的章....我于是必须在7天内离开澳门，但我的通行证上又确确实是的有澳门的一年特别逗留许可....呵呵，很诡异吧。
但是只要遵循一条规律，就不会出错，那就是对于任何一个地区，你都要做到拿什么证出境，就要拿同样的证入境。

你好，你这样肯定是行不能的。
按你的情况，应该是没有澳门的签注吧？你可以按以下办法：
持护照从珠海入境澳门，然后从澳门返回珠海。
再从珠海到深圳，然后，持《港澳通行证》（必须有有效的香港签注）由深圳入境香港，再从香港返回深圳。