一个分子怎么是一个系统呢？

解答：
系统是一个相对的概念，而且系统在不同学科之间又有不同的定义和特定的解释。

我们可以说，系统是相互作用的总体。比如几个分子可以构成一个系统，在这个系统里面，这些分子之间是有相互作用的，也就是我们的研究对象，很自然可以看做一个系统。
当然，一个分子也可以看作一个系统，我们可以这么解释，它是一个相对的概念，一个分子或许有很多原子组成，或者单原子分子也由中子和质子、电子组成，自然也可以看成是这些原子相互作用的总体啊。