现阶段确定微生物种属最有效的方法

看你花的钱了。简单的鉴定就是测序，细菌就是16S rDNA测序，真菌是根据形态及显微镜观察。另外可以附加生理生化试验。进一步鉴定就是通过细胞壁成分、DNA杂交，这个比较精确。一般来说，通过测序之类的，只能确定到属，一般不敢说是哪个种的。