越狱第三季剧情疑问

坐标在他们越狱的时候掉了，被TBAG捡到了！Whistler跟sofia说把坐标交给他们就可以了，后来她发现Whistler有很多事瞒着她，比如他的身份，她知道坐标只是借口而已、所以想证明一下！
他们不是公司的，都是想要摧毁公司的、

回答你第二个问题
Whistler不是公司的人，他在为推翻公司而奋斗，他那本鸟书上记载了找到推翻公司证据的坐标（结果被TBAG得到了），第四季一开始，Whistler就被爆头了 可惜
马洪不是公司的，和michael站在同一战线·很感人
结局是大家都被无罪释放 except T-BAG， 但是最后的结局是几年后迈克死于绝症，sara带着儿子一起生活。

1.在第三季最后，双方互换人质，LJ换Whistler的时候，为什么说没有坐标呢？我没看懂，到底sofia发现了什么呢？

其实“找坐标 ”是个幌子，whistler不只是个渔夫，那个和whistler身份有关的箱子sofia打开过
这让Sofia明白了：James以坐标来威胁Susan，不过是演给她自己看的一场戏。也让她感到了James的处心积虑。
这样一来，一是因为自己深信不已且尽力想要帮助的人对自己说谎；二是感觉到James不够信任自己让她感到寒心；三是她察觉到了自己一直深信不已且尽力维护的可能不是什么好人让她感到不寒而栗；最后是对自己不听Lincoln和Michael的衷告，执迷不悟的自责。

2.Whistler与马洪是不是都是公司的呢？

Whistler是为了搞垮公司才和公司合作的，马洪之前是公司的，（但也是被迫）第三季就不是了。