舰载机能否从航母下层甲板起飞？

起飞是没有问题,只要出口的大小适合,在舰上配合弹射器也没问题,2战时美国的埃塞克斯级就有这样的布置,他是把弹射器横向安装在机库里,出口是舷侧的升降机进入机库的开口,不过基本没有使用过几次.

这设置基本上没有什么必要性,因为既然有上层甲板了,机库起飞的话必然会占用飞机的放置空间,而且舰载机起飞一般都要航母迎风高速前进才能让飞机达到最大的起飞重量.在下层甲板的话,侧向起飞是达不到最大起飞重量了,如果在前方起飞的话,高度也太低,浪大的时候容易上浪进水.强度上也没有保证.建太高的话重心会过高,还不如直接在上层甲板.

美军的CVNX计划中曾经有个隐型方案就有点像楼主说的,最上层甲版主要是降落跑道,虽然也有装弹射器,可主要的起飞跑道是在跟机库同一高度的两侧甲板,这虽然也有优点,可是肯定会大大影响航母的舰载机搭载数量.毕竟这方案除了机库以外,几乎就没有了停机坪.舰载机数量不足会严重影响到航母的作战性能.

足够长的跑道和空间就行。洞库跑道是存在的。
至于说航母双层跑道……不是不行，得不偿失。都做跑道了飞机放哪？弹射钩拦阻索怎么布置？塔台看不见怎么办？

曾经有过,不实用,所以不会再有
1927年3月日本“赤城”号服役之初，飞行甲板为上中下三段。下层甲板的前部供大型舰载机起飞，中层甲板供轻型舰载机起飞，上层甲板供飞机降落。这样设计的目的是增加飞机飞机的使用率。不久在“赤城”号的使用中发现这种设计并不实用，由于上层甲板没有岛式建筑，舰桥只能设在甲板下面，给操舰和作战都带来极大不便。下层甲板跑道过短，无法适应高速单翼机的起飞需要,且交通管理较复杂。于是，赤城号于1935年进行了改装，三段飞行甲板联到了一起，前端由两组圆柱形支柱，并且在飞行甲板左侧增加了岛式上层建筑，以便于观察。

舰载机的飞行员就很难培养了 如果想你说的那样 飞行员的素质该有多高，天知道了。
第二，作战要求不同 从下面飞容易发生碰撞

不能，只能从上层起飞