我能不能指定一种格式为NTFS分配单元为4096字节这样的参数装系统

不太明白你说的，也没用过讯闪还原软件。
NTFS只是文件系统格式，和大小并没有直接关系，不过NTFS支持大于4G的单个文件。
你有PE为什么不用PE的系统直接装系统？而且PE上面应该也有如GHOST之类的还原软件，功能很好啊。