增值税专用发票出错过了90天重开怎么处理？

我单位今年6月份开给客户的发票20万元，当时开票时是客户给的开票资料，但对方收到发票第二个月打电话说发票出错了，因为当时给他们的货是发到他们集团下的分厂的，所以发票也要开给他们的分厂去，当时因为他们给错了发票资料，所以协商由客户去开《红字发票通知单》但是他们单位的人一直给托着不办，到快到90天的最后一个星期说因为他们没有认证发票，不能开红字通知单，我问了北京税务局，说必须让他们先认证了，再办个退货开红字，但是他们单位人说财务不给入账，不认证，就在最后一天把发票又给我单位寄回来了，所以发票就过了90天的认证期，而且不能开红字了，我单位领导去他们单位协商，双方协商结果：1、我单位重新开发票。2、对方单位承担一半的损失。3、对方收到发票立刻给我们付钱。
9月我已给重新开发票，现在请求各位，这个账怎么做？再重新确认收入，那不是虚增收入了？确认了收入还能不能结转成本，不结转成本，就得交好多所得税，还有那个赔偿款的处理？我问了别人，说就再确认一次收入，转一下成本，按正常的销售业务做，可是这样应收账款就会长期挂着。

可不可以只交税，不确认收入呀？例如：借：应收账款
货：应交税金----应交增值税（销项税）

请求各位多多指教，谢谢！！！
借：应收账款
贷：应交税金----应交增值税（销项税）
可以这样写吗？好像没有见过这样的格式哟

增值税专用发票申报过了 我司用个人户汇款给供货商,却开了增值税专用发票,已过90天认证期,不入帐有什么后果?对方属不属虚开发票? 增值税专用发票超过90天没有认证 增值税专用发票开票员选错了 增值税专用发票丢失了,怎么办? 增值税专用发票开错了 增值税专用发票丢失了怎么办？ 谁办过增值税专用发票增量 增值税专用发票过了认证期，就绝对不能红冲了吗？ 增值税专用发票报过税了 发现错了还可以作废啊