函授大专三年工作后会有助理工程师证书吗？

没有，只有普通全日制高等教育享受评职称的待遇，其他的继续教育形式必须考，即以考代评。
但是评职称没有什么意思的，因为大学刚毕业的评的职称都是初级职称，好多普通全日制毕业的本科生都不屑评职称，而是直接考中级甚至直接考高级职称（如系统分析师等，目前只有计算机专业技术资格的高级职称可以直接考，不需要工作经验）
所以，你只要想办法出具六年工作经历就可以考中级职称了。