进出口代理公司 代收代付运费包干费等是否缴纳营业税

我公司为进出口代理公司，有关代收代付货款、税金、运费、包干费等款项是否要缴纳营业税，我应该怎样给用户提供发票，有没有相关文件呢？？谢谢大家
因现在上海税控，不能申请自印发票，之前自印发票上列明“货款”“税金”“运费”“银行费用”“保险”“代理费”等项目，营业税只针对“代理费”一项缴纳税费，但现在不能自印发票，且税务机关说进出口代理行业不在差额征收行业之列，是不是由我公司开具的服务费发票都需缴纳税费？谢谢

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