如果两台电脑（都有各自的系统）硬盘装在一个机子上，启动时怎样设置主次关系？

双硬盘，其中一个硬盘要做跳线的，不然会冲突。

外来的硬盘不会影响本地的硬盘

安装系统的时候，bios设置了启动硬盘的顺序，除非你对硬盘跳线过了（现在的硬盘应该都没有了），或者更改了bios设置。

如果你是IDE接口的硬盘或者是SATA映射成了IDE的都要设置主从关系。
如果是标准的SATA点对点传输，只分1、2、3、4不分主从关系。按你的要求不需要外接的那硬盘启动，不把外接的硬盘接SATA1的接口就可以了。
假如是映射成IDE的，外接的设置成从盘就可以了，硬盘默认的都是主盘关系。如果要实现双硬盘双启动，如是Xp版本以下的系统，修改C盘的boot.ini文件即可，如果有Vista以上版本的系统启动要添加，再找我吧。