请问1个U盘，做成了启动盘后，还能不能将系统镜像放在同一个U盘里？会不会影响到不能从U盘启动了？

不影响你使用的
U盘做启动盘后要进PE进行操作安装系统，只有真正的光驱才能直接安装系统（当然你重新编写过安装程序也是可以实现直接安装的）
如果 你要在剩下的空间再放一个ISO，最好把U盘设置为硬盘格式，这样在PE模式下就能直接看见并使用ISO文件，不需要另外操作

没影响的。