我是学有机化学的，考研是考学校好还是考研究院，我读的学校是二本

研究所吧，工作稳定些，至少可以在所里工作。

你说的研究院是指中科院之类的吗？如果是的话当然是去研究院啦，只要你有实力考上去，前途一片光明啊。
上海有机所是全国最好的有机化学研究所。

我觉得还是选方向重要，选择方向注定你以后的工作，然后再决定选择哪个导师，哪个学校或者研究所，不过我觉得研究所比较好，学校有的导师的课题不是很多，研究所会在理论和实践中度过。