我们2008年进口原料在2009年转内销 这时转内销的价格按什么时候的价格来算

从题目上来看，你们所从事的应该是进料加工贸易方式，如果转内销的话要把进口时的美金价格折合成人民币，加上海关征收的关税、通关费用以及运费来作为你的内销价格，当然这是不含税价格。
现在还不知你们是销售原材料，还是加工成成品以后内销。

应该按照进口原料的进口价格，还要加上补交的进口税项，来计算内销价格。还应该加上仓储费，以及占用资金的贷款利息。