土地所有权和使用权

你好！我们是上海崇明人，在我们的家乡有我们的祖屋。后来因为上大学的 ， 参军的都离开了家乡去了祖国各地。现在我们已经都已退休了，特别是我们的老父亲已有九十多高龄了，他的愿望是在他的有生之年能够落叶归根回到自己的家乡。但是家里的房子长期没人居住已经破烂不堪了，无法居住。
为此我们向当地部门提出将房屋重新翻建，但是得到的回答是不能动地基的修理。几十年的老房子的地基已经无法承载房屋的重量了（过去的房子好像是没有地基的）如果这样修建不就成了危房吗！！住进去还有人身的安全吗？
当地政府还这样说，如果你们房子倒了，那么土地收回。有这样的说法吗？我们是合法的土地使用者，是受法律保护的。发给我们的（上海市农村宅基地使用证）上是这样说的（本证登记的土地使用权受国家法律保护，任何单位和个人不得侵犯。）那么我们到底有没有修建的权利？谢谢！

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