两块硬盘一块c区是ntfs,另一块 c区是fat,fat格式的总是优先启动?

看看硬盘后面连接线缆处的跳线设置是否有不同，把fat那个硬盘的跳线改成从属硬盘试试，关于跳线设置说明书上有。
baidu百科中关于硬盘跳线的地址：
http://baike.baidu.com/view/1283040.htm?fr=ala0

网友关于跳线的贴吧地址：
http://tieba.baidu.com/f?kz=302724343

实在找不到说明书，把fat那块接到光驱的数据线上也行。

不知道你的硬盘品牌及型号什么的，你在baidu搜索“硬盘跳线设置图解”再根据自己的设备看图上这样设置的看看

你的2块硬盘都是带有系统的？如果是都带有系统的，想要达到你说的效果，如果是IDE接口的，把ntfs这块硬盘跳成 主盘，另一块跳成从盘，就可以了。如果是SATA硬盘，直接主板上插口更换一下。

如果你对电脑多引导有多了解的话，也可以不用以上操作。安装一个多引导程序，在电脑启动时候你可以选择启动那个硬盘上的系统。参考使用：system commander 这个软件程序。不熟悉的话不要随意使用。