开机停在initializing USB controllers....

你可能把USB设置成了第1驱动，所以当你进BOIS打开USB的时候，机器开机就是先读USB的数据，结果没有读到数据，所以停止。你关掉USB的时候电脑就不读USB了，所以开机正常进入C盘。
解决方法，进入BOIS改一下启动顺序，把电脑硬盘的防到前面

我们来分析一下哈，开机时显示正在安装USB控制器，说明控制器出现了问题。南桥负责usb的通信，说明南桥与usb控制器之间的通信产生了问题。先软后硬，软件上可能是usb控制器的驱动产生了问题，由于刚重装了系统，此问题可能性不大（如果第一次用，建议去找另外的系统盘重装一下，或者下载一个新的usb2.0的控制器驱动）另外把主板的驱动也重装一遍。或者便是硬件的问题，可能有两个，第一个也是最坏的问题就是usb控制器烧坏，以前的intel的ich4和ich5南桥经常出现此问题，由于usb接口上可能存在高压静电，在静电未释放的时候插上去就会直接导致系统南桥烧坏。第二个就是usb控制器与南桥的通信接触不良，或者usb接口局部短路引起控制器失灵，建议把系统的全部usb设备拔掉，如果有前置usb那么把前置usb的连接线也一同拔掉，再开机试一下。还有一些古怪的问题与内存也有关系，未尝不可把内存拔下重新插一遍或者换一下插槽试试看。
如果这样还不行的话，去找块好的主板插上试试，如果可以正常使用，那么把旧主板送修吧。

在初始化usb控制器时出错，一般是usb端口上连接有没有外接电源供电的usb设备，或是外接电源没有连接。拔掉或是给usb设备接上电源就可以了。

补充：是重新启动后无法通过usb控制器检测，而第一次开机可以通过这个问题吗？

可以肯定的告诉楼主，肯定不是启动项问题，也不是系统问题！
有可能是外插USB设备引起,也有可能本身主板上关于usb的硬件模块出现问题了，要具体查出问题的话，可先试着拔除掉外插的USB设备再看下！

主板 上 关于 usb的 硬件模块 出现 问题

最好 在 bios下 彻底禁用 usb