我在同一省份报了两个自考，现在有两个自考证

你哪里我不知道，我浙江的
我也是曾经在学校读的，用学校办的准考证，可以在自考办办的，但考虑到学校可能最后不同意个人申请毕业的麻烦，我在外面自考办再办了张准考证，报了一门，只要一门在外准考证所在地过了，就可以在准考证所在地申请毕业，而不需要通过学校，准考证几张都没问题，成绩是挂在你身份证下面的。成绩过关带上身份证跟所有准考证去任一一张准考证所在地申请毕业。
说真的要忽悠也是你学校忽悠你，自考办忽悠你他除了多收你一张准考证的费用外没什么可图。
放心吧，很多人 都这样的，怕被学校卡着，就都在外申请了一门考的。

你是哪省的啊？河南现在实行一卡制，在河南省内就只能有一张准考证，不过外省可以有准考证，到时候可以合并一下成绩就可以了。你可以看一下你所在省是怎么规定的。你可以打自考办的电话问。