微软认证系统工程师算国家承认学历吗？

不算，资格证和学历证根本不是一回事。如果单位根据文凭给工资肯定不管用。
不过如果技术学到了，到哪里都容易找到好工作。

好像不算，它只是职业资格。

微软的认证是国际IT行业公认的一个资格认证。和国内各个机关那些根本不一样的。