一般现在时表示将来时

A两句虽然都含有when引导的从句，但意义不同，用法也就不同。
前半句when he will come 是个含有when引导的时间状语从句，使用将来时，意思是我不知道他什么时候（将要来）
后半句是个含有when引导的条件从句，虽然是when，但从意思上理解是：当他回来时（他只要一回来）我就让你知道，所以是条件句，使用一个条件句的重要原则（主将从现）的原则。所以主句I'll let you know用了将来时，而从句but when he comes用了现在时。