一般说一个分子中有几个原子，可是如何知道那是一个分子，而不是离子

NaCl这种离子晶体不存在分子概念的,分子式只不过表明了这种物质最简单的元素构成比.而水是存在分子的,但是不是你理解的氧离子和氢离子,因为水是共价化合物,是通过不同元素电子构成电子对来结合的.

离子化合物都是有离子构成的。像氯化钠，氯化铁等。
有如水，为什么说一个水分子中有两个氢原子和一个氧原子（我觉得既然是两种结合了，那便是氢离子和氧离子嘛-----错了，应该是H+和OH-

首先判断是什么晶体，原子晶体（原子组成），离子晶体（离子），金属晶体（电子与金属离子），分子晶体（由分子组成，大部分是气体与液体）
我要指出虽然水是共价化合物，但它是分子晶体，是由水分子组成，与CO2相似，由于氢键的作用使水分子间范德华力增加了，基本上含氢键比同类物质更稳定。

另外注意SiO2与CO2相似，但它是原子晶体，是由原子组成

物质根据构成的微观粒子分成：原子晶体、离子晶体和分子晶体等。
活泼金属与活泼非金属形成化合物时，一者易得电子一者易失电子形成离子。如氯化钠
非金属之间形成化合物是通过共价键结合的，简单的说就是大家都想得而不想失电子。形成分子，若形成空间立体网状则是原子晶体（如SiO2）。