办准生证的时候会不会在网上查询夫妻双方的户口信息？

不会查询。但办理准生证需要户口本，身份证，双方开具的未育证明，你能确保每个都是假到无法看的出的吗？！

计生有档案,按户口所在办理

当然要查询，要不的话怎么辨别真伪？

要是在河南的话，是可以查到的，现在计划生育户口都上网了，具体别的省份就不知道了，反正现在都想办法全国搞联网呢。