hand in homework on time能不能改成hand homework in on time？为什么？

这个不可以啊。这个是动词＋介词的动词短语。
动词短语如果是动词＋介词的构成，宾语必须放后面;若是动词+副词的 结构，名词做宾语仍放后面，若是代词，则放中间。

可以

hand in 是“介词+副词”构成的动词短语，此时，名词宾语既可放在短语中间，也可放在短语后面。