请问商检的打单费是不是按报关单的份数来收费？即出口两个柜用一份报关单，即收一份商检打单费的钱？

如果两个柜子都是一类货物，只要付一次钱。

检验检疫费是按照货物价值的千分比来计算的。
现在报关单和商检通关单必须是一一对应的 就是说一个报关单对应一个商检通关单

是的，一份报关单对应一份商检通关单，所以有几票报关单就有几票通关单，你两个柜对应一份报关单那商检打单费当然就是一份的钱。